Sekolah Tinggi Teologi Baptis Independen Indonesia (STTBII) Purworejo saat ini memiliki 1 Program Studi Sarjana (S1) aktif yaitu Prodi S1 Teologi/Kependetaan.
Prodi S1 Teologi/Kependetaan, STTBII Purworejo berdiri dan mulai menerima mahasiswa sejak 5 Juli 1976. Lalu pada tanggal 24 September 2010 mendapatkan pengesahan resmi dari Dirjen Bimas Kristen, Kementerian Agama Republik Indonesia untuk pembukaan Prodi melalui SK Nomor: DJ.III/Kep/HK.00.5/478/2010.
Pada Semester Ganjil Tahun Akademik 2026/2027 (Agustus-Desember 2026), STTBII Purworejo akan menambah dan memulai Prodi baru. Yaitu Program Studi Sarjana Pendidikan Agama Kristen (Prodi S1 PAK).